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    PFGE脉冲场凝胶电泳分子分型识别系统介绍

    日期:2015-11-20     浏览:157    下载:0     体积:0.57M     评论:0    
     PFGE脉冲场凝胶电泳分子分型识别系统介绍

     

    一、系统简介

    PFGE脉冲场凝胶电泳分子分型识别系统”是基于国家十二五重大科技专项开发的专业软件系统。

    系统主要功能是PFGE图谱分子分型在线识别和处理,提供二叉层级聚树,MLVA、MLST字符类型的小生成树,SEQUENCE基因片段类型的亲缘树计算和图形绘制,用于分析菌株之间的相关性,协助追踪感染来源以及有效控制疫情。

    系统结合了计算机技术、分子生物学、统计学、图像识别技术、地理信息技术,能够对微生物的分子分型数据进行专业处理和分析,准确识别出相似性。

    系统于2015年6月通过由国家疾控中心、解放军疾病预防控制所、军事医学科学院、清华大学以及国内医院等单位组成的专家组验收。专家组认为本系统在疾控行业、食品卫生行业、医院以及科研部门均有较强的易用性和稳定性,业务逻辑清晰,功能齐全,且具自主知识产权,安全可控;系统申报2项发明专利,并已获得12个软件著作权。

     

    二、系统解决的主要问题

    1、疾控行业:送检样本细菌的相似性判定和带型编码、疾病暴发的溯源分析、疾病分布特征分析和预警分析。在发生感染和疫情时,可以帮助业务人员尽早定位感染来源,提高疫情调查、追踪和控制的效率。

    2、机构:院内感染问题、医学研究。

    3、食品检疫:对食品中常见致病微生物进行分子分型分析、食源性疾病微生物的溯源。

    4、农业和林业:家畜和动物携带治病菌的溯源、引发动物流行性感冒的研究和监控、动物、环境和饲养员耐药菌的研究。

     

    三、系统特点

    1、优秀的成本控制:采用B/S模式,一次性部署即可搭建成功,在采购成本、升级成本、维护成本上,具有压倒性优势。

    2、的计算能力:拥有计算功能强大的分析计算服务,可以一次性聚类1000株菌,并在15秒内完成。

    3、强大的客户端绘图能力:客户端提供直观的图形展示和良好的交互体验,操作简便,分析结果一目了然。

    4、良好的易用性:全中文操作界面,简单易用,确保用户可以快速上手。

    5、可靠的用户信息安全保障:自主知识产权软件,为用户的信息安全提供可靠的保障。

    6、实验数据的积累:系统在使用过程中会积累下多样化的实验数据,数据积累的数量越多、年份跨度越广,则分析结果的准确性越高。

     

    四、系统使用效果对比

    1、使用前

    1)细菌的识别定性采用传统的物理和化学检测,识别准确度相对差。

    2)细菌的识别分型结果,不能在相关机构中统一认可。

    3)疾病暴发、食品中毒、院内感染发生时,不能及时应对情况,造成诊断延迟,失去了的处置时机。

    4)没有相关的分子分型数据留存,不利于研究和诊断经验数据积累。

    2、使用后

    1)细菌的识别定性与国际接轨,识别准确度高。

    2)识别结果可以在不同机构之间比较,识别结果权威性高。

    3)当疾病暴发、食品中毒、院内感染发生时,机构可以直接采集样本,分析识别定性。

    4)能够积累大量的细菌分子分型数据,提高机构在重大疫情中的溯源成功率,提高机构的知名度。

     

    五、系统主要功能示例

    1、PFGE指纹图谱数据在线处理

     

     

    2、二叉层级聚类树计算和图形绘制

     

    3、小生成树计算和图形绘制

     

     

    4、亲缘树计算和图形绘制

     

     

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